COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 9.659440 12.345138 12.464193
2021-05-03 17:00:00 12.723539 12.723539 12.599822
2021-05-02 17:00:00 14.393832 14.393832 12.698946
2021-05-01 17:00:00 11.098176 11.098176 12.713049
2021-04-30 17:00:00 12.734763 12.734763 12.835990
2021-04-29 17:00:00 12.298707 12.298707 12.955415
2021-04-28 17:00:00 12.391568 12.391568 13.049265

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 5.494505 5.494505 8.194026
2021-05-03 17:00:00 9.762533 2.242424 8.213644
2021-05-02 17:00:00 15.014164 9.515260 8.390197
2021-05-01 17:00:00 10.600375 10.600375 8.438691
2021-04-30 17:00:00 9.151515 9.151515 8.550938
2021-04-29 17:00:00 11.524823 11.524823 8.828105
2021-04-28 17:00:00 9.757442 9.757442 8.946406

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 11.960133 11.960133 16.942973
2021-05-03 17:00:00 14.772727 3.746398 17.395833
2021-05-02 17:00:00 22.383721 10.976479 17.898425
2021-05-01 17:00:00 28.674352 28.674352 18.378380
2021-04-30 17:00:00 26.219512 26.219512 18.891727
2021-04-29 17:00:00 23.024523 23.024523 19.386427
2021-04-28 17:00:00 22.341697 22.341697 19.757307

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 10.370879 10.370879 11.204586
2021-05-03 17:00:00 13.028571 7.063197 11.415742
2021-05-02 17:00:00 14.689266 14.689266 11.706165
2021-05-01 17:00:00 10.439901 10.439901 12.078322
2021-04-30 17:00:00 11.539560 11.539560 12.255178
2021-04-29 17:00:00 12.643678 12.643678 12.429940
2021-04-28 17:00:00 13.941627 13.941627 12.566129

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 10.082570 10.082570 10.520859
2021-05-03 17:00:00 18.101170 6.533143 11.033160
2021-05-02 17:00:00 12.656806 12.656806 11.285704
2021-05-01 17:00:00 10.467551 10.467551 11.425547
2021-04-30 17:00:00 12.389843 12.389843 11.627212
2021-04-29 17:00:00 12.007981 12.007981 11.741562
2021-04-28 17:00:00 10.473107 10.473107 11.897023

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 16.079077 16.079077 24.433008
2021-05-03 17:00:00 31.344743 31.344743 24.885119
2021-05-02 17:00:00 36.398467 36.398467 25.200421
2021-05-01 17:00:00 20.284544 20.284544 25.288182
2021-04-30 17:00:00 34.615385 34.615385 25.618831
2021-04-29 17:00:00 20.936698 20.936698 25.879507
2021-04-28 17:00:00 16.508100 16.508100 25.631147

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 8.060606 8.060606 7.970987
2021-05-03 17:00:00 7.858243 7.858243 8.103332
2021-05-02 17:00:00 2.988792 2.988792 8.223685
2021-05-01 17:00:00 6.456283 6.456283 8.427747
2021-04-30 17:00:00 11.238293 11.238293 8.649214
2021-04-29 17:00:00 5.109139 12.909091 8.900009
2021-04-28 17:00:00 inf NaN 9.226129

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 4.623445 4.623445 5.575759
2021-05-03 17:00:00 9.788242 5.422946 5.581283
2021-05-02 17:00:00 11.804142 5.547117 5.645818
2021-05-01 17:00:00 5.720861 5.720861 5.724414
2021-04-30 17:00:00 6.330437 6.330437 5.814039
2021-04-29 17:00:00 5.380050 6.181938 5.906388
2021-04-28 17:00:00 5.860607 5.860607 5.977982

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 8.527542 8.527542 10.171295
2021-05-03 17:00:00 11.728931 6.281992 10.493106
2021-05-02 17:00:00 12.617114 12.617114 10.771155
2021-05-01 17:00:00 9.525881 9.525881 11.018704
2021-04-30 17:00:00 12.843183 12.843183 11.345230
2021-04-29 17:00:00 11.644101 11.644101 11.579122
2021-04-28 17:00:00 12.453532 12.453532 11.790902

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 9.111096 9.111096 10.990838
2021-05-03 17:00:00 8.229974 8.229974 11.580853
2021-05-02 17:00:00 11.111111 11.111111 11.852286
2021-05-01 17:00:00 10.743885 10.743885 12.152764
2021-04-30 17:00:00 11.802335 11.802335 12.486019
2021-04-29 17:00:00 13.010607 13.010607 12.824083
2021-04-28 17:00:00 13.163001 13.163001 13.103713

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 9.310817 9.310817 8.954016
2021-05-03 17:00:00 18.553459 2.692834 8.929880
2021-05-02 17:00:00 13.552361 5.848471 9.259265
2021-05-01 17:00:00 8.797554 8.797554 9.559363
2021-04-30 17:00:00 14.102564 14.102564 9.931020
2021-04-29 17:00:00 12.193191 12.193191 10.255695
2021-04-28 17:00:00 11.418816 11.418816 10.501515

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 1.103753 6.401766 6.089632
2021-05-03 17:00:00 6.162465 6.162465 5.997569
2021-05-02 17:00:00 6.167401 6.167401 5.776846
2021-05-01 17:00:00 5.317324 5.317324 5.895671
2021-04-30 17:00:00 5.131579 7.967314 5.722682
2021-04-29 17:00:00 7.047619 7.047619 5.909233
2021-04-28 17:00:00 2.790698 5.499542 5.805060

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 5.581040 5.581040 5.702316
2021-05-03 17:00:00 1.785714 5.551150 5.712926
2021-05-02 17:00:00 3.559071 3.559071 5.819547
2021-05-01 17:00:00 47.202797 24.475524 5.875222
2021-04-30 17:00:00 6.615385 6.615385 5.901984
2021-04-29 17:00:00 6.118881 6.118881 6.016883
2021-04-28 17:00:00 4.837431 4.837431 6.018471

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 21.428571 21.428571 28.688403
2021-05-03 17:00:00 1.724138 27.758007 29.278178
2021-05-02 17:00:00 16.666667 36.184211 29.738573
2021-05-01 17:00:00 20.365535 20.365535 29.905952
2021-04-30 17:00:00 34.519573 34.519573 30.492838
2021-04-29 17:00:00 37.634409 37.634409 31.342767
2021-04-28 17:00:00 42.272727 42.272727 32.431217

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 9.753483 9.753483 11.941992
2021-05-03 17:00:00 12.355908 5.432373 12.016188
2021-05-02 17:00:00 23.214286 11.468714 12.526478
2021-05-01 17:00:00 11.600684 11.600684 12.742422
2021-04-30 17:00:00 15.334517 15.334517 13.181986
2021-04-29 17:00:00 16.620669 16.620669 13.776246
2021-04-28 17:00:00 18.799493 18.799493 14.184860

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 27.919609 27.919609 29.712136
2021-05-03 17:00:00 12.894534 12.894534 30.613327
2021-05-02 17:00:00 72.192513 25.237576 31.689605
2021-05-01 17:00:00 42.529168 42.529168 32.305974
2021-04-30 17:00:00 35.612083 35.612083 33.776401
2021-04-29 17:00:00 38.212831 38.212831 35.053582
2021-04-28 17:00:00 32.871795 32.871795 35.973478

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 4.260549 3.414874 5.242648
2021-05-03 17:00:00 5.041322 2.098383 5.335972
2021-05-02 17:00:00 4.265566 4.265566 5.667318
2021-05-01 17:00:00 5.430933 5.430933 5.954078
2021-04-30 17:00:00 8.645432 8.645432 6.243595
2021-04-29 17:00:00 6.418605 6.418605 6.564211
2021-04-28 17:00:00 8.291457 8.291457 6.910840

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 10.565773 10.565773 10.402822
2021-05-03 17:00:00 11.495693 11.495693 10.585953
2021-05-02 17:00:00 14.577039 9.083422 10.681797
2021-05-01 17:00:00 10.862481 10.862481 10.801504
2021-04-30 17:00:00 10.176102 10.176102 10.818748
2021-04-29 17:00:00 10.397883 10.397883 10.968189
2021-04-28 17:00:00 10.914356 10.914356 11.148457

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 6.984171 6.984171 9.795754
2021-05-03 17:00:00 15.650741 15.650741 9.729108
2021-05-02 17:00:00 12.760007 12.760007 9.822533
2021-05-01 17:00:00 8.780536 8.780536 9.837597
2021-04-30 17:00:00 9.214150 9.214150 9.887240
2021-04-29 17:00:00 9.918914 9.918914 9.992201
2021-04-28 17:00:00 9.746835 9.746835 10.092815

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 10.710383 10.710383 9.395541
2021-05-03 17:00:00 21.084337 4.018370 9.701452
2021-05-02 17:00:00 27.777778 7.678677 10.128169
2021-05-01 17:00:00 8.743169 8.743169 10.475074
2021-04-30 17:00:00 14.598540 14.598540 11.039518
2021-04-29 17:00:00 21.534937 11.225659 11.428552
2021-04-28 17:00:00 11.251435 11.251435 11.855146

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 10.638298 10.638298 20.182698
2021-05-03 17:00:00 40.579710 13.793103 21.821579
2021-05-02 17:00:00 21.100917 21.100917 22.715653
2021-05-01 17:00:00 18.296530 31.693989 23.581491
2021-04-30 17:00:00 22.018349 22.018349 24.367943
2021-04-29 17:00:00 30.049261 30.049261 24.904558
2021-04-28 17:00:00 20.218579 20.218579 25.729687

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-04 17:00:00 21.149897 21.149897 20.849015
2021-05-03 17:00:00 18.019802 9.730019 21.589437
2021-05-02 17:00:00 13.260782 31.761387 22.065543
2021-05-01 17:00:00 20.342755 20.342755 22.521862
2021-04-30 17:00:00 20.138002 20.138002 23.038418
2021-04-29 17:00:00 24.993317 24.993317 23.421358
2021-04-28 17:00:00 24.503817 24.503817 24.066047

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.494505 5.494505 8.194026
Basilicata 11.960133 11.960133 16.942973
Calabria 10.370879 10.370879 11.204586
Campania 10.082570 10.082570 10.520859
Emilia-Romagna 16.079077 16.079077 24.433008
Friuli Venezia Giulia 8.060606 8.060606 7.970987
Lazio 4.623445 4.623445 5.575759
Liguria 8.527542 8.527542 10.171295
Lombardia 9.111096 9.111096 10.990838
Marche 9.310817 9.310817 8.954016
Molise 1.103753 6.401766 6.089632
P.A. Bolzano 5.581040 5.581040 5.702316
P.A. Trento 21.428571 21.428571 28.688403
Piemonte 9.753483 9.753483 11.941992
Puglia 27.919609 27.919609 29.712136
Sardegna 4.260549 3.414874 5.242648
Sicilia 10.565773 10.565773 10.402822
Toscana 6.984171 6.984171 9.795754
Umbria 10.710383 10.710383 9.395541
Valle d'Aosta 10.638298 10.638298 20.182698
Veneto 21.149897 21.149897 20.849015

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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